Як розрахувати кількісний показник зчеплення генів

Кількісний показник зчеплення генів, або логарифм оцінки коефіцієнтів, є статистичним тестом і використовується в аналізі генетичних зв`язків. Кількісний показник зчеплення генів порівнює ймовірність отримання тестових даних, якщо два фенотипу пов`язані або не пов`язані між собою. з імовірністю отримання тестових даних.

Кроки

1
Ви можете розрахувати кількісний показник зчеплення генів двома способами. Найпопулярніший з них використовується в тому випадку, якщо у вас невелике потомство. У цьому випадку використовуйте метод нижче із заголовком «Коли кількість потомства невелике». У випадку, якщо ваше потомство маленьке, і ви відчуваєте, що число рекомбінантних і не рекомбінантних генів точно представляє генетична відстань між цими двома генами (що є рідкістю в генетиці людини), використовуйте метод під заголовком «Коли кількість потомства велике».

Метод 1 з 2: Коли кількість потомства невелике

1
Уявіть певне генетичне відстань між двома генами (від 0 до 50 см). Візьміть одиницею генетична відстань (г) 0,1.
2
Припустимо, що у вас є 13 осіб, з яких 2 рекомбінантні. Імовірність нерекомбінаціі буде 1-r = 1-0,1 = 0,9
3
Так як ви хочете обчислити кожен генотип, розділіть його на 2 (1-г) / 2 = 0,45. Імовірність рекомбінації буде г / 2 = 0.1 / 2 = 0.05
- Імовірність даних, якщо два гени пов`язані наступна: ((R / 2) + R) * (((1-R) / 2) = NR), де R # рекомбінантов і NR # нерекомбінантов. Так що ймовірність даних, якщо ці два гени пов`язані ((0.45) ^ 11) * ((. 05) ^ 2)
- Імовірність даних, якщо ці два гени не пов`язані (0.25) ^ (R NR) = (0.25) ^ 13
- Але можуть виникнути суперечності (ймовірність даних, якщо ці два гени пов`язані) / (ймовірність даних, якщо ці два гени не є пов`язані). Так, значення розходяться = (((0,05) ^ 2) * ((0.45) ^ 11)) / ((0,25) ^ 13) = 25,7
- Показник складатиме 10 (25,7) = 1,41.
4
Повторіть цей процес для г як 0, 0,01, 0,03, 0,05, 0,3 і 0,5.
- Найбільше значення показника - це і буде ваш правильну відповідь. Генетична відстань передбачуване вами, ймовірно, близько до фактичного відстані між двома важливими генами.

Метод 2 з 2: Коли кількість потомства велике

1
Створіть родовід для двох представляють інтерес фенотипів. Чим більше даних ви збираєте, тим краще.

2
Визначте кількість рекомбінантов і нерекомбінантов. Наприклад, припустимо, що аллели A1 і B1 один фенотип прийшов від одного з батьків, а А2 і В2 на фенотип 2 прийшли від іншого. Потомство успадковує A1B1 або А2В2 є нерекомбінантні, в той час як ті, хто успадкував A1B2 або A2B1, є рекомбінантними.
3
Обчисліть ймовірність отримання результатів за умови двох зв`язаних фенотипів. Це робиться за допомогою формули ((R / (R NR)) ^ R) * ((1- (R / (R NR))) ^ NR), де R = число рекомбінантов, NR = кількості не рекомбінантов.
- Наприклад, у системі МНС групи крові, М і S пов`язані, і N з S пов`язані між собою. Візьміть 100 випадкових людей, з них 25 мають MS гаплотип, 30 мають МS гаплотип, 6 мають NS гаплотип, і 39 мають Ns гаплотип. Так як M і S пов`язані, і N і S пов`язані, MS і Ns є нерекомбінантні, а Н і С є рекомбінантними.
- Таким чином, число рекомбінантов = R = 30 + 6 = 36, в той час як кількість нерекомбінантов = NR = 25 + 39 = 64. Рекомбінантна частота R / (R + NR) = 36 / (36 + 64) = 0,36 .
- Ймовірність отримання результатів двох пов`язаних локусів ((0,36) ^ 36) * ((1- (0.36)) ^ 64) = 4,19187538 * 10 ^ -29.
4
Обчисліть ймовірність отримання результатів, за умови, що два фенотипу не пов`язані. Це обчислюється так: 0,5 ^ (NR + R). У наведеному вище прикладі 0,5 ^ (64 +36) = 0,5 ^ 100 = 7.88860905? 10 ^ -31.
5
Розділіть ймовірність отримання результатів, припускаючи, що два фенотипу пов`язані (крок 3), ймовірністю отримання результатів. Припускаючи, що два фенотипу не пов`язані (крок 4). У вашому прикладі це одно 4.19187538 * 10 ^ -29 / 7,88860905? 10 ^ -31 = 53,14.
6
Візьміть логарифм на підставі 10 співвідношень отриманих вище (крок 5). Для прикладу це одно 53.14 = 1,73.

Поради

Для інтерпретації кількісного показника зчеплення генів, майте на увазі, що кількісний показник зчеплення генів більше 3,0 вважається доказом зв`язку. Кількісний показник зчеплення генів 3 вказує на шанси 1 до 1000, що зв`язок, спостережувана нами, не відбувалася випадково. З іншого боку, кількісний показник зчеплення генів менш-2,0 вважається доказом виключення зв`язку. У наведеному вище прикладі кількісний показник зчеплення генів -1,73. Наприклад, зв`язок пропонується, але не підтверджена. Збільшення числа точок даних буде збільшити кількісний показник зчеплення генів, якщо зв`язок існує для аналізу.

Що вам знадобиться

Калькулятор